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使用基于適配子的抑制 DNA 聚合酶優化 SNP 分析:成功 PCR 的關鍵技巧

更新時間:2025-05-08      點擊次數:87

什么是適配子?

適配子是短的單鏈寡核苷酸,旨在識別并結合特定的靶分子,例如蛋白質或小分子。使用指數富集配體的系統進化 (SELEX) 過程,適配體的特異性和親和力進行了優化。
在 PCR 應用中,適配體具有幾個優點:
  • 低分子量

  • 易于修改

  • 出色的穩定性



基于適配子的 DNA 聚合酶抑制

在 Genaxxon,寡適配體用于特異性抑制 SNP DNA 聚合酶的活性。這些適配體在低溫下與聚合酶的活性位點結合,阻斷其活性。只有當溫度超過 54°C 時,適配體才會分離,從而允許反應繼續進行。
由于適配體在較高溫度下不會變性,因此當溫度降至 54°C 以下時,它們會重新結合。這意味著,為了使用我們的 SNP DNA 聚合酶成功進行 SNP 分析,退火溫度必須始終高于 55°C,以確保高效擴增。 在引物設計過程中必須考慮這一點。


優化退火 T溫度

如果退火溫度低于 55°C,則擴增可能會顯著減少或抑制。對于富含 AT 的序列,應使用較長的引物以確保更強的結合。
提高退火溫度的另一種方法是使用鎖核酸 (LNA)。這些修飾的核酸于 1997 年由 Jesper Wengel (1) 和 Takeshi Imanishi (2) 獨立描述,此后成為基于雜交的應用的主要成分。摻入單個 LNA 堿基會使每個 LNA 堿基引物的熔解或退火溫度升高約 2-3°C (3, 4)。對于 SNP 分析,LNA 堿基最好位于引物的中間,因為將它們放置在末端附近效果較差。


結論

基于適配子的抑制劑在 SNP 分析中具有顯著優勢,特別是在精確的聚合酶活性控制和高特異性方面。然而,最佳的 PCR 性能需要足夠高的退火溫度。如有必要,可以使用 LNA 寡核苷酸進一步提高效率并獲得最佳結果。


Genaxxon 提供特殊適體抑制的 DNA 聚合酶,非常適合 SNP 分析。這些高選擇性酶經過專門修飾,可用于精確的 PCR 檢測和突變檢測,非常適合“大海撈針"的用途。

Literatur 

1. LNA (Locked Nucleic Acids): Synthesis of the adenine, cytosine, guanine, 5-methylcytosine, thymine and uracil bicyclonucleoside monomers, oligomerisation, and unprecedented nucleic acid recognition. Koshkin AA, Singh SK, Nielsen P, Rajwanshi VK, Kumar R, Meldgaard M, Olsen CE, Wengel J; Biochemistry (2006), 45 (23), S. 7447–7455; doi:10.1021/bi060307w. 

2. Synthesis of 2′-O,4′-C-methyleneuridine and -cytidine. Novel bicyclic nucleosides having a fixed C3, -endo sugar puckering. Obika S, Nanbu D, Hari Y, Morio KI, In Y, Ishida T, Imanishi T; Tetrahedron Letters (1997), 38 (50), S. 8735–8738; doi:10.1016/S0040-4039(97)10322-7. 

3. Structures, dynamics, and stabilities of fully modified locked nucleic acid (β-D-LNA and α-L-LNA) duplexes in comparison to pure DNA and RNA duplexes. Suresh G, Priyakumar UD; J Phys Chem B. (2013), 117(18):5556-64. doi: 10.1021/jp4016068. 

4. Biological Activity and Biotechnological Aspects of Locked Nucleid Acids. Lundin KE, H?jland T, Hansen BR, Persson R, Bramsen JB, Kjems J, Koch T, Wengel J, Smith CI; Adv Genet. (2013), 82:47-107. doi: 10.1016/B978-0-12-407676-1.00002-0


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